阴阳学说是哈萨克医药基础理论的重要组成部分,它以朴素的辩证唯物主义思想,认为宇宙万物都是有阴阳二重性的,都是在阴阳的作用下发生,发展和消亡。构成世界的六大原素,也有其阴阳属性。在长期的生活、生产和医疗实践中,运用阴阳学说,解释和说明人体和宇宙万物的关系,说明人体的生理功能、解剖、病理变化、病因病机、药物性味,指导临床诊断和治疗。阴阳是自然界中相互关联的某些事物和现象对立双方的概括。它既可以代表两个相互对立的事物,也可以代表同一事物内部存在的相互对立统一的两个方面。一般讲,热性的、无形的、明亮的、平坦的、干燥的、生长旺盛的等属阳性,寒凉的、晦暗的、潮湿的、衰弱死亡的等属于阴性。
  阴阳学说贯穿哈医药理论的各个方面,用来说明人体的组织结构、生理功能、疾病的发生、发展规律,药物的属性,饮食的属性,并指导临床诊断和治疗。它用阴阳学说阐明人体时,认为人体是一个有机的整体,而组成它的组织结构是有机联系的,又是相互对立的阴阳二部分,如哈医认为外在十二器官(毛孔、皮肤、耳、舌、眼、鼻、手、足、腹部、关节、颈部、外生殖器)为阳,而内在的十二脏器(肺、脑、心、腺体(淋巴)、骨、肝(脾)、胃(十二指肠)、口腔、肾、肉(筋、脂肪、网络)、肠(大小肠等)、内生殖器)为阴,人体每个脏器器官都有其阴阳属性,阳性器官也有阳中之阴,阴性脏器也有阴中之阳。
  在治疗中,据以上事物及人体组织器官的阴阳归类,药物的来源、属性也分阴阳,进行对症下药,如长于干旱地的药物为阳,长于潮湿地的药物属阴;黄花的属阳,蓝花的属阴;红花的属阳,暗花的为阴;四季长青的为阳,春长冬缩的为阴等。